Cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý Lăng Chủ tịch Hồ Chí Minh được quy định tại Điều 3, Nghị định số 61/2022/NĐ-CP ngày 12/9/2022 của Chính phủ như sau:
1. Văn phòng Ban Quản lý Lăng.
2. Các đơn vị sự nghiệp công lập
a) Ban Quản lý Quảng trường Ba Đình;
b) Trung tâm Khoa học, Công nghệ và Môi trường.
3. Các đơn vị chuyên trách phối thuộc
a) Bộ Tư lệnh Bảo vệ Lăng Chủ tịch Hồ Chí Minh, Bộ Quốc phòng;
b) Trung đoàn 375, Bộ Tư lệnh Cảnh vệ, Bộ Công an.
4. Trưởng ban Ban Quản lý Lăng quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức và mối quan hệ công tác; thẩm quyền và trách nhiệm của người đứng đầu; bổ nhiệm, miễn nhiệm, kỷ luật người đứng đầu và cấp phó của người đứng đầu các cơ quan, đơn vị tại khoản 1, khoản 2 Điều này theo quy định của pháp luật.
5. Văn phòng Ban Quản lý Lăng là tổ chức hành chính, tham mưu, giúp việc cho người đứng đầu Ban Quản lý Lăng, có con dấu riêng, cơ cấu tổ chức có 03 phòng.